Do obsługi, środków budżetowych są prowadzone w Narodowym Banku Polskim Oddział Okręgowy w Warszawie następujące rachunki bankowe:
W zakresie części 28 Nauka:
50 1010 1010 0032 5822 3100 0000 – rachunek dochodów
03 1010 1010 0032 5822 3000 0000 – rachunek wydatków
W zakresie części 38 Szkolnictwo wyższe:
76 1010 1010 0030 9822 3100 0000 – rachunek dochodów
29 1010 1010 0030 9822 3000 0000 – rachunek wydatków
Na rachunek bieżący dochodów w odpowiedniej części budżetowej przyjmowane są:
- dochody budżetowe z tyt. opłat, prowizji, spadków, zapisów i darowizn w postaci pieniężnej, odszkodowań i wpłat za utracone lub uszkodzone mienie, odpłatności za usługi realizowane przez ministerstwo na rzecz innych podmiotów;
- wpływy z tytułu zwrotu wydatków, jeżeli zwrot następuje po upływie roku budżetowego, w którym wydatku dokonano;
- wpływy z tytułu oprocentowania środków zgromadzonych na rachunkach, stanowiące dochody;
- wpływy środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej z tytułu refundacji wydatków poniesionych z budżetu państwa na finansowanie programów i projektów.
Na rachunek bieżący wydatków w odpowiedniej części budżetowej przyjmowane są:
- wpływy z tytułu zwrotu wydatków dokonanych w tym samym roku, w którym poniesiono wydatki;
- zwroty niewykorzystanych środków przekazanych na współfinansowanie projektów, finansowanych z udziałem środków europejskich.
Do obsługi umów zawieranych na zasadach określonych w ustawie z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych (Dz. U. z 2013 r. poz. 907, z późn. zm.), Ministerstwo utworzyło oddzielny rachunek bankowy do wpłat wadium:
39 1010 1010 0032 5813 9120 0000