Z dniem 1 stycznia 2009 r. wchodzi w życie nowy statut Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. W miejsce dotychczas funkcjonujących komórek organizacyjnych powołano:

1. Departament Budżetu i Finansów
2. Departament Finansowania Szkół Wyższych
3. Departament Instrumentów Polityki Naukowej
4. Departament Kontroli i Nadzoru
5. Departament Legislacyjno-Prawny
6. Departament Nadzoru i Organizacji Szkolnictwa Wyższego
7. Departament Obsługi Programów Międzynarodowych i Uznawalności Wykształcenia
8. Departament Spraw Europejskich i Współpracy Międzynarodowej
9. Departament Strategii
10. Departament Systemów Informatycznych
11. Departament Wdrożeń i Innowacji
12. Biuro Dyrektora Generalnego
13. Biuro Ministra
14. Biuro Ochrony.